Микробиологическая диагностика риккетсиозов

Риккетсии
Семейство Rickettsiaceae
Таксономия Rickettsials
Краткая характеристика рода Rickettsia
Антигенное строение риккетсий
Культуральные и физиологические особенности
Микроэкология возбудителей, круг хозяев и среда естественного обитания
Генетическая характеристика
Факторы патогенности
Клинические проявления в связи с особенностями инфекционного процесса
Основные нозологические формы и особенности клинического и эпидемиологического проявления риккетсиозов
Иммунитет при риккетсиозах
Эколого-эпидемиологическая характеристика
Микробиологическая диагностика риккетсиозов
Определение чувствительности к антибактериальным препаратам
Лечение и профилактика
Апатогенные риккетсии и концепция эндоцитобиоза прокариотов
Географическое распространение риккетсий группы КПЛ
Экспериментальные методы изучения риккетсии в переносчиках

Молекулярно-биологические методы

Генетические методы находят все более широкое применение для изучения и идентификации риккетсий. Среди них используют анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ДНК (ПДРФ), метод геномной дактилоскопии (ДНК-зонды), анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов амплифицированной в полимеразной цепной реакции ДНК (ПДРФ аДНК ПЦР), пульсовый гелевый электрофорез, метод сравнения нуклеотидных последовательностей.

Рестрикционный анализ требует для своего осуществления большого количества ДНК, что на первых этапах генетического изучения риккетсий требовало накопления биомасс риккетсий на чувствительных моделях (желточные мешки куриных эмбрионе, культуры клеток). Использование методов, основанных на полимеразной цепной реакции, является более рациональным. При этом не только не требуется длительное культивирование микроорганизмов, но часто эти варианты генетического анализа сказываются более чувствительными и специфичными.

В основе предложенного R.L. Regneiy (1991) метода идентификации и дифференциации риккетсий был положен анализ генов, кодирующих цитратсинтазу (gltA) и белок rOmpA (отрА), основанный за полиморфизме фрагментов рестрикции. Цитратсинтаза является компонентом почти всех живых клеток и ферментом главного цикла метаболизма - цикла лимонной кислоты, играющей ключевую роль в выработке энергии и в обеспечении биосинтетических метаболитов. При помощи ПЦР - амплификации было показано присутствие этого гена в хромосомах всех риккетсий. Определение ПЦР ПДРФ профилей, полученных после расщепления продуктов ПЦР с рестгедсгазой (эндонуклеазой) Alu 1, было использовано для изучения геномных различий риккетсий. Только пять генотипов имели свои характерные профили- R. akari, R. australis , R. japonica, R. massiliae и R. bellii. Все остальные виды изученных риккетсий группы КПЛ характеризовались идентичными профилями.

Дендрограмма генотипического родства секвенсов риккетсиальной цитратсинтазы, полученная в результате анализа ПЦР ПДРФ и оценки процента замены нуклеотидных оснований, свидетельствует о промежуточном положении R. canadensis между кластером, включающим риккетсий сыпнотифозной группы (R. prowazekii, R. typhi), и другим кластером, включающим риккетсии группы КПЛ (Regnery R.L. et al., 1991). Установлена гетерогенность вида R. conorii. Используя праймеры, амплифицирующие 532 первых основания и ферментативное расщепление : помощью эндонуклеаз Pst 1 и Rsa 1, можно дифференцировать все изученные риккетсий группы КПЛ, за исключением R. africae и R. parkeri (Eremeeva М.Е. et al., 1994).

Несмотря на высокую перспективность, особенно для диагностики новых риккетсиозов и анаплазмозов, эти методы, основанные на ПЦР, не нашли широкого применения в практике ввиду сложности и трудоемкости, а также в связи с методическими проблемами взятия и исследования клинического материала от больных. Тем не менее с помощью методов генодиагностики в последние годы доказана этиологическая значимость возбудителей ряда новых риккетсиозов - вызываемого R. slovaca синдрома TIBOLA (англ. - tick borne lymphoadenopathy - «лимфоаденопатия после присасывания клеща»), риккетсиоза, вызываемого R. heilongjiangensis, и др.

Оптимальным для идентификации риккетсий является метод сравнения нуклеотидных последовательностей продуктов ПЦР-амплификации. Первоначально при изучении риккетсиального генома был секвенирован и использован для проведения филогенетического анализа рода Rickettsia ген 16S rRNA (Stochard D.R., Fuerst Р.А., 1995; Roux V., Raoult D., 1995). Специфические последовательности были определены для каждого вида (серотипа), при этом установлено высокое сходство последовательностей - от 97,2 до 99,9 %. В бактериологии принятым критерием для отнесения различных штаммов к одному виду является 70 %-ный уровень гомологии ДНК (Wayne L.G. et al., 1987). Применение этого критерия к риккетсиям группы КПЛ показывает его относительность. На основании этого критерия R. rickettsii, R. conorii, R. sibirica и R. montanensis должны быть отнесены к одному виду (Walker D.H., 1988,1989). Понятно, что сравнение последовательностей 16S rRNA с учетом высокой степени гомологии риккетсий является оптимальным подходом для филогенетического анализа. Для многих представителей рода Rickettsia были изучены и некоторые другие последовательности — отрА, отрВ, git А, ген, кодирующий 17 кДа, которые также используются для классификации и номенклатуры риккетсий.

Читайте также:
»Иксодовые клещи и клещевые инфекции
»Клещевой риккетсиоз
»История изучения риккетсиоза
»Микробиологическая и эпидемиологическая характеристика очагов клещевого риккетсиоза в Сибири и на Дальнем востоке России
»Клиника, диагностика и лечение клещевого риккетсиоза
»Основные направления эпидемиологического надзора за риккетсиозами
»Фото переносчиков клещевого риккетсиоза

»Список сокращений