Таксономия Rickettsials |
Риккетсии
При изучении риккетсий наиболее применяемыми генами являются: ген, кодирующий 16S рРНК, ген gltA, гены отрА и отрВ, а также применяемый с недавних пор «gene D» (Roux, Raoult, 1997; Roux et al, 1997; Fournier et al., 1998; Roux and Raoult, 2000; Sekeyova et al., 2001). Ген, кодирующий 16S рРНК, является первым геном, секвенированным в риккетсиальном геноме. Поскольку этот панбактериальный ген присутствует у всех прокариотов, определение его первичной структуры позволяет изучать степень гомологии микроорганизмов, строить филогенетические древа и изучать их эволюционные связи. Сравнение этого гена у изучаемых риккетсий позволило провести их филогенетический анализ. Нуклеотидные последовательности всех изученных риккетсий имели высокую степень гомологии по этому гену - от 99,9 до 97,2 % (Roux, Raoult, 1997, Roux et al., 1997). Именно по этой причине применение данных секвенсов 16S рРНК наиболее целесообразно при осуществлении филогенетического анализа внутри таксономических категорий от рода и выше (рис. 2). ![]() Для осуществления подобной задачи внутри рода Rickettsia более информативным является применение данных, полученных при секвенировании гена gltA, где степень гомологии между видами риккетсий составила от 99,9 до 86,2 %. Как известно, цитратсинтаза является компонентом почти всех живых клеток и ферментом главного цикла метаболизма — цикла лимонной кислоты, играющей ключевую роль в выработке энергии и в обеспечении важнейших биосинтетических метаболитов. Изучение нуклеотидных последовательностей гена gltA и дальнейший филогенетический анализ среди представителей родов Rickettsia (Roux et al., 1997), Ehrlichia (Inokuma et al., 2001) и Bartonella (Birtles et al., 1995; Joblet et al., 1995) показал более высокую вариабельность этого гена, чем гена 16S рРНК. Следовательно, этот инструмент позволяет находить большие различия среди близкородственных видов. В настоящее время этот инструмент применяется для изучения практически всех риккетсий и в некоторых случаях является наиболее адекватным, когда применение других генов при выявлении и изучении риккетсий не дает удовлетворительных результатов (отрА, отрВ и «gene D»), а применение гена, кодирующего 16S рРНК, при первичной идентификации риккетсий в членистоногих сопряжено с высокой вероятностью контаминации. В связи с невозможностью амплифицировать ген отрА у представителей группы СТ его применение ограничивается пределами группы КПЛ, где степень гомологии между видами риккетсий оценивается от 99,9 до 94,9 %. Сопоставление секвенсов gltA и отрА генов позволило установить области их оптимального применения среди представителей рода Rickettsia (рис. 3) (Raoult, Roux, 1997). Применение гена отрА наиболее оправдано при изучении риккетсий группы КПЛ. ![]() Страница 1 | Страница 2 | Страница 3 | Страница 4 | Страница 5 Читайте также: »Иксодовые клещи и клещевые инфекции »Клещевой риккетсиоз »История изучения риккетсиоза »Микробиологическая и эпидемиологическая характеристика очагов клещевого риккетсиоза в Сибири и на Дальнем востоке России »Клиника, диагностика и лечение клещевого риккетсиоза »Основные направления эпидемиологического надзора за риккетсиозами »Фото переносчиков клещевого риккетсиоза »Список сокращений |